Posso emitir uma fatura para um cliente intracomunitário ou de um mercado externo?

Sim. No Jasmim é possível emitir faturas para clientes intracomunitários ou de mercados externos. Para tal é necessário definir o regime de impostos da entidade na ficha do cliente em Vendas | Clientes, no separador Cliente. Para mais informações, leia o artigo aqui.